Загрузка останавливается на монтировании корневого раздела.
Пишет

mountroot >

и любые попытки ввода корневого раздела, например ufs:da0(a,0)/boot/kernel посылает.
Решение: убрать всю информацию из GEOM. Делается так:

gpart show -l /dev/da0
gpart destroy -F /dev/da0

После этого можно записывать через dd.
Это происходит потому, что изначально информация о GEOM записывается как в начало, так и в конец диска. Так что после записи диска, резервная копия о старых партициях на диске не удаляется, и, при монтировании корневого раздела, FreeNAS не знает, откуда брать инфу о корневом разделе, т.е.не может понять, какой UUID правильный.