Первое и главное правило: Контроллер домена больше ничего не делает.

Второе правило: если нечто требует домена или сконфигурировано с применением данных, получаемых с контроллера домена, то это нечто должно стоять не на контроллере, а на второй машине, которую надо сконфигурировать как AD Member: https://wiki.samba.org/index.php/Setup_a_Samba_AD_Member_Server ;

Если у вас настройка домена была на самбе и вдруг появилась серверная Windows, но нет реплики контроллера домена, стваьте Windows Server на новую машину делайте ее контроллером домена, а на бывшием контроллере домена на Samba надо менять настройки так, чтобы он стал репликой контроллера домена.