cat /usr/local/etc/pkg.conf
PACKAGESITE : http://pkgbeta.freebsd.org/${ABI}/latest
#SRV_MIRRORS : NO
PKG_DBDIR : /var/db/pkg
PKG_CACHEDIR : /var/cache/pkg
PORTSDIR : /usr/ports
#PUBKEY : /etc/ssl/pkg.conf
HANDLE_RC_SCRIPTS : NO
PKG_MULTIREPOS : NO
ASSUME_ALWAYS_YES : NO
SYSLOG : YES
SHLIBS : NO
AUTODEPS : NO
PORTAUDIT_SITE : http://portaudit.FreeBSD.org/auditfile.tbz

Если в системе версия pkg выше 1.5, то pkg может пытаться перемолоть старый /usr/local/etc/pkg.conf и на этом затыкается; ругань идет на то, что ему неизвестно о репозиториях. Решается запихиванием в систему файла

cat /usr/local/etc/pkg/repos/FreeBSD.conf
FreeBSD: {
  url: "pkg+http://pkg.FreeBSD.org/freebsd:9:x86:64/latest",
  mirror_type: "srv",
  enabled: yes
}

make -C /usr/ports/ports-mgmt/portmaster config build deinstall install
echo 'WITH_PKGNG=yes' >> /etc/make.conf
pkg2ng
make -C /usr/ports/ports-mgmt/pkg install